Der Verlag wurde von Friedrich Julius Klinkhardt am 1. Mai 1834 in Leipzig gegründet. Im Anschluß an vielseitige verlegerische Initiativen verlagerte der Firmengründer schon bald den Schwerpunkt der Verlagsarbeit auf die Publikation von Schulbüchern und pädagogischer Literatur. Im Jahre 1861 konnte der Verlag durch eine Druckerei erweitert werden. 

1870 übernahmen Robert Julius Klinkhardt und Bruno Klinkhardt die Geschäftsleitung. Auch in diesen Jahren war die Entwicklung durch eine stetige Expansion des Verlagshauses gekennzeichnet. In Berlin (1882) und in Wien (1883) konnten Verlage übernommen werden. Kurz vor Ausbruch des ersten Weltkrieges beschäftigte der Verlag ca. 900 Mitarbeiter. 

Wilhelm Julius Klinkhardt leitete den Verlag durch den ersten Weltkrieg, die Inflation und die Weltwirtschaftskrise. In dieser Zeit mußte der graphische Großbetrieb aufgegeben werden. 

In vierter Generation übernahm Walther Julius Klinkhardt den Verlag 1929. Nach der Zerstörung des Stammhauses im Jahr 1943 und dem Ende des zweiten Weltkrieges übersiedelte der Verlag nach Bad Heilbrunn in Oberbayern. Engagiert wurde ein neues Pädagogik- und Schulbuchprogramm aufgebaut. 

Von 1964 bis 1994 lag die Leitung des Verlages bei Michael und Peter Julius Klinkhardt. In dieser Zeit konnte das Profil des Verlages als engagierter, qualitätsorientierter Wissenschaftsverlag für die Erziehungswissenschaft entwickelt und gefestigt werden. 

Seit 1995 wird der Verlag von Andreas Klinkhardt geführt. Derzeit bieten wir ca. 800 lieferbare Titel aus allen Bereichen der Pädagogik an. Jährlich erscheinen ca. 80-90 neue Titel. Der Verlag ist Gesellschafterverlag der UTB GmbH in Stuttgart und versteht sich heute als wissenschaftlich orientierter pädagogischer Verlag, auch wenn mit einigen Titeln die Tradition des Schulbuches weiter gepflegt werden kann. 

Das aktuelle Verlagsprogramm wird über die scholars-e-library und über das digitale Studienbuchprogramm von utb auf der Webseite https://elibrary.utb.de wissenschaftlichen Bibliotheken zum Erwerb angeboten. 

Der Verlag befindet sich in sechster Generation in Familienbesitz.